Можно ли опубликовать сайт в подкаталоге?

Нет, опубликованные сайты могут работать только в корневой веб-папке (например, public_html, httpdocs или в любой другой, которую использует ваш хостинг).
Сайт должен быть доступен только по корневому доменному пути в браузере, например https://yourdomain.com/, а не https://yourdomain.com/subfolder/.